Eind jaren 80 stond hij als directeur aan het hoofd van het PS1 Museum in New York, waar hij het werk van Helio Oiticica en andere Braziliaanse kunstpioniers als Andre Cadere, Franz West, en David Medalla toonde. In 1990 werd hij directeur van Witte de With, Centrum voor Hedendaagse Kunst in Rotterdam, dat bekend staat om de belangrijke tentoonstellingen van oa Helio Oiticica, Eugenio Dittborn, Allan Sekula en Paul Thek. Dercon was toen ook bestuurslid van INIVA (onder het voorzitterschap van Stuart hal) in Londen. Van 1996 tot 2003 was hij directeur van het Museum Boijmans Van Beuningen in Rotterdam, waar hij tentoonstellingen van Hans Haacke, Hubert Damisch, Richard Hamilton, en - zeer tegen de zin van de lokale populistische politiek - Maurizio Cattelan programmeerde, gevolgd door "Unpacking Europe", samengesteld door Salah Hassan.
Dercon was zelf curator van tentoonstellingen voor het Nederlands paviljoen op de Biënnale van Venetië en het Centre Georges Pompidou (Face à l'Histoire). Na zijn werk als artistiek adviseur voor diverse Frac divisies in Frankrijk, gaf Dercon de Generali Foundation in Wenen en het MACBA in Barcelona advies in verband met overnames.
Dercon werd in 2003 directeur van het Haus der Kunst in München, het voormalige Haus der Deutschen Kunst dat in 1937 opgericht werd door Hitler en de nazi-partij. Het Haus der Kunst toonde onder andere tentoonstellingen van de collecties van Ydessa Hendeles, Generali Foundation, Herman en Nicole Daled. Sinds kort werkt het Haus der Kunst samen met de Sammlung Goetz. Het Haus der Kunst is bekend om zijn foto-exposities van Robert Adams, Lee Friedlander, William Eggleston en vele anderen. In 2005, produceerde Dercon met Anish Kapoor 'Svayambh' en publiceerde hij in opdracht van het Duitse Guggenheim, het essay 'MY BODY IS YOUR BODY'. Dercon overzag ook projecten in München, zoals deze van de architecten Rem Koolhaas en Herzog & deMeuron. Daarnaast organiseerde Dercon tentoonstellingen van Luc Tuymans, Paul McCarthy, Amrita Sher-Gil, Garin Nugroho, Amar Kanwar en AiWeiwei. Het Primitive project van Apichatpong Weerasethakul won afgelopen voorjaar de Gouden Palm op het Filmfestival van Cannes. In het Haus der Kunst loopt op dit moment nog de laatste tentoonstelling die Dercon programmeerde, van de italiaanse architect-designer Carlo Molino.
In april 2011 vervoegde Dercon als directeur het team van Tate Modern in Londen, dat Dercon beschouwt als een kunstbeweging op zich.
Chris Dercon is lid van de artistieke adviesraad van WIELS.